O presente estudo, de abordagem qualitativa, lança olhares sobre a formação de jovens estudantes da educação básica e teve como objetivo geral analisar contribuições da pedagogia de projetos científicos na construção da autonomia dos estudantes do Ensino Fundamental da Rede de Ensino do Recife. As práticas pedagógicas, em detrimento das demandas sociais da atualidade, ainda estão pautadas em padronizações estabelecidas pelo ensino por transmissão e pela rigidez do modelo disciplinar e especializado que, quase sempre, estão organizados em torno da objetividade de um ensino pautado em conhecimentos fragmentados e descontextualizados. Nesse cenário, as escolas e as salas de aula se mantêm inertes às metamorfoses sociais e reproduzem uma ambiência pouco acolhedora, mantendo o distanciamento das pessoas com suas carteiras enfileiradas e uma prática pedagógica que foge à evolução educacional marcada pela abertura ao diálogo e ao trabalho colaborativo, denunciando assim os muitos desafios a encarar e superar. Entrelaçados aos currículos oficiais e com proposta de inovação, intensificam-se os trabalhos com a pedagogia de projetos e os projetos de iniciação científica, que se opõem à desarticulação disciplinar e a modelos ultrapassados de um ensino por transmissão e uma aprendizagem por memorização, que não mais correspondem a uma sociedade em profunda transformação. Nesta pesquisa utilizamos a técnica de grupo focal, considerando as falas dos(as) jovens adolescentes, dados de fundamental importância para a compreensão do fenômeno referente à construção de suas autonomias enquanto partícipes nesses projetos. No contexto em que todos e todas, especialmente os(as) adolescentes, encontram-se submetidos(as) a uma multiplicidade de experiências e informações de toda natureza, o desenvolvimento da autonomia e do senso crítico nos processos de sua aprendizagem tornaram-se elementos ainda mais significativos. Os resultados revelaram que para os(as) adolescentes envolvidos nos referidos projetos, o mais importante foi o processo nutrido pelo prazer e satisfação com a caminhada, o acolhimento e a atenção parental e dos professores e professoras, não apenas os resultados concretos das vivências, mas nas relações interpessoais que se estabeleceram. Para eles e elas, participar dos projetos foi fundamental para adquirir novos conhecimentos, mas também para se perceberem como pessoas importantes, protagonistas e pesquisadores(as), denotando que a ciência não está distante da realidade, mas ligada a ela. A autonomia criada pela participação nos projetos de iniciação científica, ainda que atrelada às circunstâncias do meio, despertou neles e nelas elevada autoestima, se reconhecendo capazes e seguros(as) nas tomadas de decisões frente ao próprio futuro, nutridos(as) pela confiança de se sentirem empoderados e empoderadas.