As enfermidades de origem parasitária continuam sendo um problema na saúde dos animais e seres humanos no século 21. O gênero zoonótico Ancylostoma apresenta a maior prevalência no Brasil. São de interesse médico veterinário no Brasil, as espécies Ancylostoma caninum e Ancylostoma braziliense. Em suas fases larvais são fontes de afecções associadas à Larva migrans cutânea no ser humano. O diagnóstico apenas coproparasitológico do gênero Ancylostomainfelizmente não permite a diferenciação entre as espécies nos cães infectados, em função da pouca acuidade visual na diferenciação dos ovos. Objetivou-se com esse estudo realizar o diagnóstico da infecção natural por Ancylostoma caninum e Ancylostoma braziliense em cães, através da técnica mutivalente de FLOTAC, avaliando a freqüência de parasitos gastrointestinais em amostras oriundas de animais domiciliados e de abrigos e a posterior diferenciação interespecífica através da reação em cadeia de polimerase (PCR).  Para tanto, foram coletadas 60 amostras fecais de cães de diferentes raças e idades, e avaliadas através da técnica de FLOTAC. Os dados foram analisados por meio de estatística descritiva. Das 60 amostras processadas pela técnica coproparasitológica de FLOTAC, 38.3% (23/60) foram de animais de abrigos e 61.7% (37/60) foram de animais domiciliados, ambos na cidade do Recife. No presente estudo, 46.7% (28/60) das amostras foram positivas para parasitos zoonóticos, sendo os mais encontrados Ancylostoma spp. 40% (24/60), seguido por Trichuris spp. 8.3% (5/60), Toxocara spp. 6.7%. (4/60) e Cystoisospora spp. 1.7% (1/60).  Foi observada uma frequência relativa de coinfecção (presença de dois ou mais parasitos numa mesma amostra) em 10% (6/60) das amostras analisadas. Nos animais de abrigo, foi verificada a frequência de infecções parasitárias de 78,3% (18/23) e nos animais domiciliados de 27% (10/33), um número considerado elevado. O gênero Ancylostoma possui destaque, com uma frequência de 40% (24/60) nas amostras avaliadas, sendo 21,6% (8/37) nas amostras de cães domiciliados e 69,6% (16/23) nas amostras de cães de abrigos. Técnicas baseadas na detecção de DNA são necessárias para a diferenciação entre as espécies. Para maior conhecimento sobre os agentes parasitários, é necessário o conhecimento de sua epidemiologia, distribuição e identificação das espécies de acordo com a região geográfica.