Apesar dos avanços recentes no diagnóstico e tratamento da Leishmaniose Canina, a doença continua sendo de grande desafio médico veterinário. Apesar da variedade de manifestações clínicas a maior parte dos animais infectados desenvolve sinais dermatológicos. Desta forma o tratamento das lesões ulceradas de pele em cães com leishmaniose muitas vezes apresenta difícil resolução clínica em função da infecção bacteriana secundária. Dessa forma, nessa pesquisa objetivou-se isolar e identificar a microbiota presente nas lesões ulceradas através da cultura microbiana, e avaliar a diversidade da comunidade microbiana através da metagenômica. Para tanto foram utilizados 20 animais de ambos os sexos e sem raça definida com diagnóstico positivo através da técnica parasitológica e sorológica para Leishmaniose Canina. Inicialmente foram coletadas amostras utilizando swabs estéreis nas feridas cutâneas abertas, não purulentas, após o que foi realizada a cultura microbiológica usando para isolamento bacteriano os meios de Ágar EMB e Ágar sangue de carneiro 5% e a identificação preliminar mediante coloração de Gram. Os resultados mostraram a presença de 13 isolados de Staphylococcus; 10 isolados de Estafilococos Coagulase Negativa; sete isolados de Bacilos Gram negativos não fermentadores da glicose; cinco isolados de Proteus spp.;  quatro isolados de Streptococcus alfa hemolítico;  quatro isolados de Streptococcus beta hemolítico; três isolados de Streptococcus spp. e de Pseudomonas aeruginosa; dois  isolados de Corynebacterium spp,  Streptococcus do grupo D, não Enterococcus, Klebsiella spp.; um  isolado de Enterococcus spp., Escherichia coli e Micrococcus spp. Apesar dos microrganismos isolados fazerem parte da microbiota comensal da pele dos cães, observa-se que o conhecimento desses microrganismos pode levar a uma terapêutica mais assertiva, visto que as lesões cutâneas promovidas pela Leishmaniose podem sofrer alguma interferência no processo de cicatrização devido a presença dessas bactérias.